A Faculdade de Ciências Naturais e Matemática (FCNM), foi fundada a 5 de Setembro de 1991 como resultado da fusão da Faculdade de Matemática e Física e da Faculdade de Química e Biologia, criadas em 1986 e 1988, respectivamente, no então Instituto Superior Pedagógico.
Actualmente, funciona com um total de 12 cursos sendo, 7 de licenciatura, 5 de mestrado e 1 de Doutoramento.
A Faculdade de Ciências da Linguagem, Comunicação e Artes (FCLCA), é uma unidade orgânica da Universidade Pedagógica de Maputo, que foi criada com a denominação de Faculdade de Línguas, em 1987, no então Instituto Superior Pedagógico (ISP) e era constituída por 3 departamentos académicos, nomeadamente: Departamento de Português, Departamento de Inglês e Departamento de Francês, que ofereciam cursos diversos, orientados para a formação de professores destas especialidades, na Sede da UP e nas delegações. Actualmente a FCLCA é constituída, também, por três departamentos, designadamente: de Ciências da linguagem, de Comunicação e de Artes.